Jern: Bakterienes svake punkt
Rafi Ahmad forsvarte 17. oktober 2008 avhandlingen "Regulator from Vibrios: Structure, Function and Biological Role" til graden PhD.
Avhandlingen fokuserer på bakterieinfeksjoner. For å bekjempe disse sykdommer er det viktig å få en grunnleggende forståelse av de mekanismene som brukes av sykdomsfremkallende bakterier for trenge inn i verten og overvinne vertens immunsystem. Denne kunnskapen brukes blant annet. i utviklingen av nye antibakterielle stoffer.
Ahmad har spesielt tatt for seg bakteriegruppen Vibrio. En rekke vibrioarter er sykdomsfremkallende både for mennesker og for viktige oppdrettsarter som laks og torsk. Her kan nevnes Vibrio cholerae som forårsaker kolera hos mennesker og Vibrio salmonicida som forårsaker "Hitrasyken" hos laks.
Jern er livsviktig
For at organismer skal kunne leve må de kunne ta opp løselig jern. Jern i løselig form finnes bare i begrensede mengder i naturen og det foregår en kontinuerlig kamp mellom vert og bakteriene om resursene. For høye nivåer av løselig jern inne i cellene er skadelige og mengden av jern må derfor være nøye regulert. I de fleste bakterier er nivået nøye regulert av proteinet "Ferric uptake regulator" (Fur).
Ahmad har benyttet flere beregningsbaserte metoder for å oppnå en bedre
forståelse av Fur-proteinet i seg selv og den biologiske rollen proteinet har i reguleringen av andre gener og genprodukter i seks forskjellige vibrioarter.
Datasimuleringer og modeller
Ut fra analyser av bakterienes genom (arvemateriale, DNA) har han oppdaget flere tidligere ubeskrevne genprodukter som er regulert av Fur-proteinet og som synes viktig for bakteriens evne til å overleve i vertsorganismene.
For å forstå hvordan proteinet aktiveres/inaktiveres av jernnivået i bakteriecellene er den tredimensjonale strukturen av Fur modellert og ved hjelp av datasimuleringer og beregninger har Ahmad funnet ut hvor jern bindes i strukturen og hvilke gener forbindelsen regulerer.
Om doktoren
Rafi Ahmad er opprinnelig fra Lucknow, India. Han fikk sin bachelorgrad i farmasi ved Hamdard University i New Delhi, og sin mastergrad i bioinformatikk ved University of Exeter, England. Etter oppholdet ved Exeter, jobbet Ahmad tre år for programutviklingsselskapet Accelrys Inc. i USA. Forskningsinteressene hans inkluderer databasert medisinoppdagelse og strukturelle- og funksjonelle studier av protein-ligand-samspill.
Kontaktperson: Rafi Ahmad. Norwegian Structural Biology Centre, Institutt for kjemi. 77645366. rafi.ahmad@fagmed.uit.no
